L’hivernage de 1605 à 1606 à Port-Royal se déroula dans de meilleures conditions qu’à l'île Sainte-Croix. Malheureusement, le 21 septembre 1605, à peine sa petite colonie bien installée, Pierre Dugua se vit obliger de rentrer précipitamment en France, parce que sa compagnie s’y trouvait en grandes difficultés financières car son monopole de commerce était sérieusement menacé par les autres marchands, basques et bretons, qui ne l’avaient jamais accepté, et encore moins respecté. Avant de partir, il confia le commandement de Port-Royal à son fidèle François du Pont-Gravé et chargea Champlain de poursuivre l’exploration vers le sud, plus tempéré, ce qu’il fit, en 1606, avec Poutrincourt mais sans succès. À titre anecdotique, il est intéressant de noter que Dugua avait pris soins de ramener en France des animaux vivants du Canada, entre autres un orignal (l’élan d’Amérique), un colibri et un castor qu’il montra à la Cour d’Henri IV, lui-même grand chasseur, et au jeune Dauphin qui deviendra Louis XIII. Un canot fait d’écorce de bouleau, ramené par Dugua, navigua en grande pompe sur la Seine, à Paris.

En fait, dès juillet 1607, le monopole de Dugua était subitement aboli à la suite des fortes pressions exercées à la Cour par les autres marchands et les chapeliers de Paris appuyés par Sully. La libre concurrence entre les marchands se trouvait rétablie, au détriment de la compagnie du sieur de Mons. Le monopole octroyé à Dugua pour dix ans n’avait duré que quatre ans. Le sieur de Mons, qui avait subi de lourdes pertes en conséquence du pillage de ses fourrures et du commerce parallèle illégal mené par les marchands rivaux, se trouva alors contraint, en 1607, de fermer temporairement la colonie naissante de Port-Royal et de faire rentrer en France tous ses colons, pourtant déjà assez bien établis et qui avaient réussi à cultiver la terre, un précieux gage de succès pour la lointaine colonie naissante. Les marchands-contrebandiers faisaient la traite pour leur seul profit, sans l’obligation imposée à de Mons d’établir des colons, de les payer, les ravitailler et les protéger ; toute une différence !

En 1606, Champlain et Lescarbot avait fondé l’ordre du Bon temps pour garder le moral de la petite colonie. La garde de " l’habitation " de Port-Royal fut confiée au chef Souriquois (Micmacs) Membertou, avec lequel les Français entretenaient de bonnes relations et qui la protégea fort bien jusqu’au retour du sieur de Poutrincourt, qui remplaça le sieur de Mons à Port-Royal, en 1610. À noter que, personnellement, Pierre Dugua a toujours manifesté sa neutralité envers les tribus rivales et cherché même à les réconcilier.