Pour l’aider dans sa gigantesque entreprise, Dugua fit appel, entre autres, au jeune Saintongeais de Brouage, Samuel de Champlain, explorateur déjà chevronné et qui venait de rentrer d’un voyage sur le Saint-Laurent (1603), dont il avait publié la relation. Champlain n’aura aucun titre officiel dans l’expédition de Dugua en Acadie, en 1604 ; il sera simple " volontaire ", sans solde, mais avec mission d’explorer la côte est de l’Amérique du Nord, souvent avec Dugua lui-même, et de " relever des cartes ", ce en quoi il excellait.

C’est ainsi, qu’à partir de 1604, les deux Saintongeais de Royan et de Brouage sont intimement liés dans leur détermination commune de fonder une nouvelle France en Amérique ; ils ne se quitteront plus. Dugua et Champlain s’appuieront toujours l’un sur l’autre. Dugua sera témoin au mariage de Champlain, en décembre 1610, avec Hélène Boullé. Ce serait à cette occasion que la particule "de" aurait été ajoutée au nom de Champlain (et Dugua l’utilisera dans sa lettre à Louis Hébert). On doit ajouter que cette fructueuse association des deux hommes, Dugua, protestant et Champlain, catholique, n’aurait certes pas été envisageable si le célèbre Édit de Nantes n’avait pas mis fin officiellement, en 1598, mais pour peu de temps, aux impitoyables guerres de religion en France.

Dugua invita également pour son aventure lointaine quelques gentilshommes, dont François du Pont-Gravé, Jean de Biencourt, sieur de Poutrincourt qui, plus tard, lui succédera en Acadie. En outre, Dugua recruta lui-même une soixantaine de colons, choisis parmi les principaux corps de métier (charpentiers, tailleurs de pierres, cuisiniers, mineurs, etc.) ainsi que des soldats Suisses, le roi de France ne fournissant pas de soldats pour protéger la colonie. Tout ce personnel est rémunéré par la compagnie du sieur de Mons. Soucieux de l’équilibre religieux, Dugua amène également avec lui un aumônier et un pasteur. Ces deux religieux auront des démêlés théologiques et en viendront aux mains, un exemple peu édifiant pour leurs ouailles ! Ironiquement, ils seront enterrés dans la même fosse à Port-Royal.

Il fait armer deux navires, la Bonne Renommée et le Don de Dieu (sur lequel il s’embarque), les remplit de provisions pour une année et des matériaux nécessaires à la construction d’une " habitation " permanente où l’on pourra hiverner. Dugua affrétera trois autres navires pour aller faire la traite des fourrures dans le Saint-Laurent, de manière à financer la future colonie d’Acadie. Dès le 9 avril 1604, les navires hissent les voiles et quittent le port de Honfleur pour la périlleuse traversée de l’Atlantique Nord.